Журнал «Региональная геология и металлогения» является первым ведомственным журналом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации со времен перестройки. Он издается с 1993 года по инициативе академика Алексея Дмитриевича Щеглова, который был в это время директором Всероссийского научно-исследовательского геологического института им. А. П. Карпинского. Журнал «Региональная геология и металлогения» был создан для того, чтобы работникам геологической отрасли предоставить возможность публиковать разноплановую геологическую информацию, касающуюся в том числе особенностей геологического строения территории России и ближайшего зарубежья и закономерностей размещения месторождений минерального сырья. С учетом первоочередных задач отрасли, в первом номере был опубликован следующий перечень основных проблем, которые планировалось освещать в журнале: 

– новейшие достижения в области изучения геологического строения региональных структур и закономерностей размещения месторождений полезных ископаемых с особым вниманием к территориям Северо-Запада России и Балтийского щита;

— проблемы регионального прогноза месторождений полезных ископаемых;

— фундаментальные проблемы теоретической геологии, способствующие пониманию особенностей образования и размещения месторождений полезных ископаемых;

— вопросы прикладной геологии, в первую очередь связанные с повышением эффективности геологосъемочных, поисковых и прогнозных работ;

— материалы по совершенствованию государственного геологического картирования, в том числе по применению современных компьютерных методов исследований;

— проблемы геоэкологических исследований.

Уже с самого начала были сформированы основные разделы журнала: «Региональная геология» и «Металлогения». В случае необходимости вводились рубрики «Краткие сообщения», «Хроника», «Памятные даты», «Страницы истории», «Рецензии» и др. За 30 с лишним лет жизни журнала на его страницах было опубликовано около 1 500 статей, из них две трети составляют статьи по региональной геологии и металлогении.

Авторами статей были геологи из всех регионов России — от северо-запада и центра до Сахалина и Камчатки. Отдельные статьи подготовлены совместно российскими и зарубежными специалистами, некоторые из них печатались только на английском языке. Значительное место в журнале занимали статьи по оценке перспектив территории России на различные виды минерального сырья, о результатах поисков в них месторождений полезных ископаемых.

Последние годы журнал «Региональная геология и металлогения» приобрел особое значение как печатное издание, отражающее научные результаты работ по государственному геологическому картографированию и региональным геолого-геофизическим исследованиям, которые являются основной деятельностью государства, обеспечивающую уровень геологической изученности, необходимый для решения государственных задач, связанных с созданием современных основ недропользования и воспроизводством минерально-сырьевой базы Российской Федерации.